固定是病理制片过程中最重要的一步。组织固定不佳，将导致诊断困难或无法诊断，甚至影响免疫组化及基因检测结果准确性。因此及时解剖、取足量的组织固定非常重要。用包埋剂来支撑组织的过程称包埋。最常用的是石蜡包埋法和组织冰冻法。包埋的关键一是平整，二是方位。石蜡切片常用于观察正常细胞组织的形态结构，缺点是固定和高温处理过程可能会使抗原失活。冰冻切片优点是能够较好的保存组织的抗原免疫活性，做免疫组化时无需抗原修复这一步，缺点是细胞内易形成冰晶而破坏细胞结构，可能会使抗原弥散。