蛋白结构域的预测可以预测出整个蛋白在发挥功能的过程中，组成整个蛋白的各个结构域发挥的作用。在很多的蛋白实验过程中，通常需要了解蛋白的相关结构域，为进一步了解该蛋白的功能提供前驱预测，这时就需要用到蛋白结构域的预测。

案例Ⅰ

预测构建流程

案例Ⅱ​

案例Ⅱ：蛋白结构域预测在高通量筛选中的引用。a.组成蛋白氨基酸的占比。b.相似蛋白结构的富集。c.蛋白可能功能及修饰预测。

案例Ⅰ：a.构建完成的蛋白质三级结构。b.二级结构中可能存在的分子作用力。c.三级结构中相关修饰预测。d.结构域与结构域之间的共价连接预测。

a.已知蛋白的氨基酸序列，根据各种氨基酸的物理和化学特性预测出一级结构域。b.用一级结构域和氨基酸之间存在相互作用的特性预测出蛋白的二级结构域及三级结构域。